Mușchii au nevoie de până la patru săptămâni pentru a se recupera complet după un maraton.

Studiile efectuate de cercetători de la instituții precum Ball State University au demonstrat că un maraton provoacă inflamații severe și necroză la nivelul fibrelor musculare. Analizele histologice ale mușchiului gastrocnemian (gamba) au arătat că daunele sunt vizibile la nivel celular chiar și la câteva săptămâni după cursă.Pe parcursul celor 42,195 kilometri, un alergător face în medie între 30.000 și 50.000 de pași. Fiecare impact cu solul generează o forță de până la trei ori greutatea corpului, provocând stres mecanic extrem asupra miocitelor. Acest stres declanșează o cascadă inflamatorie în care celulele albe din sânge, în special neutrofilele și macrofagele, invadează țesutul pentru a elimina resturile celulare.Un studiu publicat în Journal of the Neurological Sciences a confirmat că regenerarea completă a enzimelor musculare, cum ar fi creatin-kinaza (CK), și refacerea mitocondriilor pot dura 28 de zile. În această perioadă, capacitatea mușchiului de a genera forță este redusă semnificativ, chiar dacă sportivul nu mai simte durere subiectivă. Odihna este critică deoarece reluarea antrenamentelor intense prea devreme poate duce la fibroză sau accidentări cronice.