A principal diferença entre um cupcake e um muffin é o método de mistura, que define se a massa será leve ou densa.

A distinção técnica entre esses dois produtos de panificação reside na estrutura celular da massa. O método de cremegem, essencial para cupcakes, utiliza cristais de açúcar para perfurar a gordura sólida da manteiga, criando milhões de vazios microscópicos que retêm ar. Durante o forneamento, o dióxido de carbono liberado pelo fermento químico e o vapor de água expandem essas células de ar pré-existentes, resultando em um miolo uniforme e macio.Em contraste, o método de mistura dos muffins minimiza a aeração e o desenvolvimento de glúten. Os ingredientes secos e úmidos são incorporados apenas até que a farinha desapareça, o que evita que as proteínas da farinha formem uma rede elástica forte. Isso produz uma textura mais rústica e densa, com alvéolos de ar maiores e irregulares, característica dos pães rápidos americanos surgidos no século XIX.Estudos de reologia de alimentos indicam que a proporção de gordura e açúcar também difere significativamente entre os dois. Cupcakes geralmente possuem uma concentração de açúcar superior a 50% em relação ao peso da farinha, enquanto muffins mantêm essa proporção abaixo de 40%. Essa diferença química altera a temperatura de gelatinização do amido, permitindo que o cupcake cresça mais antes de a estrutura se fixar, garantindo sua leveza característica.