O kefir é produzido por uma mistura de bactérias e leveduras, enquanto o iogurte utiliza apenas bactérias.

O kefir tem origem nas montanhas do Cáucaso e sua descoberta remonta a séculos atrás, sendo tradicionalmente passado de geração em geração. Diferente do iogurte, que depende de fermentação termofílica (calor), o kefir fermenta em temperatura ambiente através de uma matriz de polissacarídeos chamada kefiran. Essa estrutura abriga uma simbiose complexa entre bactérias ácido-lácticas, bactérias acéticas e leveduras, como a Saccharomyces kefir e a Candida kefyr.Estudos publicados no Journal of Food Science and Technology indicam que o kefir pode conter entre 30 a 50 linhagens diferentes de micro-organismos, enquanto o iogurte comercial padrão geralmente possui apenas duas ou três. As leveduras presentes no kefir produzem pequenas quantidades de gás carbônico e etanol, o que confere à bebida sua textura efervescente característica. Além disso, os grãos de kefir são considerados organismos vivos permanentes, pois podem ser recuperados e reutilizados indefinidamente se forem alimentados com leite fresco.Pesquisas da Universidade de Dublin destacam que o kefir possui propriedades antibacterianas e antifúngicas superiores devido à produção de ácidos orgânicos e peptídeos bioativos durante o processo de fermentação. Enquanto o iogurte ajuda principalmente na digestão da lactose, o kefir atua de forma mais ampla na colonização do trato intestinal. Essa diversidade microbiana torna o kefir um dos alimentos probióticos mais potentes conhecidos pela ciência moderna.