Ο Έλι Γουίτνεϊ δεν κέρδισε σχεδόν τίποτα από την εφεύρεση του εκκοκκιστηρίου βαμβακιού λόγω μαζικών αντιγραφών.

Ο Έλι Γουίτνεϊ κατοχύρωσε την πατέντα για το εκκοκκιστήριο βαμβακιού στις 14 Μαρτίου 1794, αλλά η συσκευή ήταν τόσο απλή που οι σιδηρουργοί μπορούσαν να την αναπαράγουν εύκολα. Η στρατηγική του Γουίτνεϊ και του συνεργάτη του, Φινέας Μίλερ, να κρατούν το 40% του βαμβακιού ως δικαιώματα χρήσης θεωρήθηκε υπερβολική από τους αγρότες του Νότου.Αυτό είχε ως αποτέλεσμα την εμφάνιση εκατοντάδων παράνομων μηχανών σε ολόκληρη τη Γεωργία και τη Νότια Καρολίνα. Ο Γουίτνεϊ ξεκίνησε πάνω από 60 δικαστικές υποθέσεις για να προστατεύσει τα δικαιώματά του, όμως οι τοπικοί ένορκοι συχνά αρνούνταν να καταδικάσουν τους γείτονές τους. Τα τεράστια δικαστικά έξοδα και οι καθυστερήσεις στην επιβολή του νόμου περί ευρεσιτεχνίας του 1793 τον άφησαν σχεδόν χρεοκοπημένο.Παρά την αποτυχία του να κερδίσει από το βαμβάκι, η εφεύρεσή του αύξησε την παραγωγή από 1,5 εκατομμύριο λίβρες το 1790 σε 85 εκατομμύρια λίβρες το 1810. Ο Γουίτνεϊ στράφηκε τελικά στην κατασκευή μουσκέτων για την κυβέρνηση των ΗΠΑ το 1798. Εκεί εφάρμοσε την έννοια των ανταλλάξιμων εξαρτημάτων, μια καινοτομία που έθεσε τις βάσεις για τη σύγχρονη μαζική παραγωγή και του απέφερε τελικά τη μεγάλη περιουσία που αναζητούσε.