Τα άλογα διαθέτουν επτά κύρια συστήματα ομάδων αίματος και πάνω από 30 διαφορετικούς τύπους.

Η ταξινόμηση των ομάδων αίματος στα άλογα καθιερώθηκε διεθνώς το 1981 κατά τη διάρκεια της Διάσκεψης της Διεθνούς Εταιρείας Γενετικής των Ζώων (ISAG). Τα επτά κύρια συστήματα (A, C, D, K, P, Q, U) ορίζονται από συγκεκριμένα αντιγόνα στην επιφάνεια των ερυθρών αιμοσφαιρίων. Το σύστημα D είναι το πιο περίπλοκο, καθώς περιλαμβάνει πάνω από 10 διαφορετικούς τύπους αντιγόνων.Σε αντίθεση με τους ανθρώπους, τα άλογα δεν γεννιούνται με υψηλά επίπεδα φυσικών αντισωμάτων έναντι άλλων ομάδων αίματος. Αυτό το φαινόμενο επιτρέπει σε πολλά άλογα να επιβιώνουν από μια πρώτη, επείγουσα μετάγγιση χωρίς προηγούμενο έλεγχο συμβατότητας. Ωστόσο, μετά την πρώτη έκθεση, ο οργανισμός αναπτύσσει αντισώματα που θα προκαλέσουν οξεία αιμολυτική αντίδραση σε μελλοντική μετάγγιση.Ιδιαίτερη σημασία έχει η ομάδα αίματος Q και A, καθώς τα αντισώματα σε αυτές τις ομάδες ευθύνονται συχνά για τη νεογνική ερυθρολύση. Πρόκειται για μια κατάσταση όπου το πουλάρι προσλαμβάνει αντισώματα μέσω του πρωτογάλακτος της μητέρας του, τα οποία επιτίθενται στα δικά του ερυθρά αιμοσφαίρια. Μελέτες δείχνουν ότι η σωστή διασταύρωση (cross-matching) στο εργαστήριο είναι ο μόνος ασφαλής τρόπος για την αποφυγή θανατηφόρων επιπλοκών σε καθαρόαιμα άλογα.