Οι μύες χρειάζονται έως και τέσσερις εβδομάδες για να αναρρώσουν πλήρως μετά από έναν μαραθώνιο.

Η συμμετοχή σε έναν μαραθώνιο προκαλεί σοβαρή μυϊκή νέκρωση και φλεγμονή που ανιχνεύεται μέσω βιοχημικών δεικτών στο αίμα. Μελέτες έχουν δείξει ότι τα επίπεδα της κρεατινικής κινάσης (CK), ενός ενζύμου που υποδηλώνει μυϊκή βλάβη, παραμένουν αυξημένα για αρκετές ημέρες μετά τον αγώνα. Οι ερευνητές έχουν παρατηρήσει μέσω βιοψιών ότι οι μυϊκές ίνες παρουσιάζουν εκτεταμένη αποδιοργάνωση στις γραμμές Ζ των σαρκομερίων.Σύμφωνα με έρευνα που δημοσιεύθηκε στο Journal of the Neurological Sciences, η πλήρης ιστολογική αποκατάσταση των μυών μπορεί να διαρκέσει από 3 έως 4 εβδομάδες. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, ο οργανισμός επιστρατεύει δορυφορικά κύτταρα για να επιδιορθώσει τις κατεστραμμένες ίνες και να συνθέσει νέες πρωτεΐνες. Αν ο δρομέας επιστρέψει σε έντονη προπόνηση πρόωρα, κινδυνεύει με χρόνιους τραυματισμούς και μειωμένη απόδοση.Εκτός από τη μυϊκή βλάβη, το ανοσοποιητικό σύστημα υφίσταται επίσης πίεση, με τα επίπεδα των λευκών αιμοσφαιρίων να θυμίζουν κατάσταση λοίμωξης αμέσως μετά τον τερματισμό. Η διαδικασία επούλωσης απαιτεί χρόνο για την απομάκρυνση των κυτταρικών υπολειμμάτων και την αναδόμηση του συνδετικού ιστού. Η κατανόηση αυτού του χρονοδιαγράμματος είναι κρίσιμη για τον σωστό προγραμματισμό της περιόδου αποκατάστασης (tapering) και της επιστροφής στους αγώνες.