Η βασική διαφορά ανάμεσα σε ένα cupcake και ένα muffin βρίσκεται στον τρόπο ανάδευσης της ζύμης.

Η γαστρονομική διάκριση μεταξύ των δύο βασίζεται στη χημεία της δομής του αέρα και των λιπαρών. Στα cupcakes, η διαδικασία χτυπήματος του βουτύρου με τη ζάχαρη δημιουργεί ένα δίκτυο από εκατομμύρια μικροσκοπικές φυσαλίδες αέρα που σταθεροποιούνται από τους κρυστάλλους της ζάχαρης. Κατά το ψήσιμο, αυτές οι φυσαλίδες διαστέλλονται ομοιόμορφα, δίνοντας στο γλυκό την κλασική σπογγώδη υφή του.Στα muffins, η προσέγγιση είναι εντελώς διαφορετική καθώς χρησιμοποιείται η μέθοδος του «γρήγορου ψωμιού» (quick bread). Τα υγρά υλικά αναμειγνύονται με τα στερεά μόνο μέχρι να βραχούν, χωρίς έντονη ανάδευση, ώστε να περιοριστεί η ανάπτυξη της γλουτένης και η ενσωμάτωση αέρα. Αυτό έχει ως αποτέλεσμα μια πιο βαριά και υγρή ψίχα με ακανόνιστες οπές, η οποία είναι χαρακτηριστική για αρτοσκευάσματα πρωινού.Ιστορικά, ο όρος «cupcake» εμφανίστηκε για πρώτη φορά στο βιβλίο μαγειρικής της Amelia Simmons «American Cookery» το 1796, αναφερόμενος σε κέικ που ψήνονταν σε μικρά κύπελλα. Τα muffins έχουν παλαιότερες ρίζες, με τα αγγλικά muffins να χρονολογούνται από τον 10ο αιώνα, αν και η αμερικανική εκδοχή τους εξελίχθηκε τον 19ο αιώνα με τη χρήση χημικών διογκωτικών όπως η μαγειρική σόδα. Σήμερα, η επιστήμη της ζαχαροπλαστικής ορίζει ότι ένα cupcake πρέπει να έχει λεπτή υφή και επικάλυψη (frosting), ενώ ένα muffin οφείλει να είναι πιο τραχύ και λιγότερο γλυκό.