Η ντομάτα είναι βοτανικά «ράγα» (berry), όπως το σταφύλι και η μπανάνα.

Η ταξινόμηση της ντομάτας (Solanum lycopersicum) ως ράγα βασίζεται στα μορφολογικά χαρακτηριστικά του καρπού της. Σύμφωνα με τη βοτανική επιστήμη, οι ράγες είναι απλοί σαρκώδεις καρποί που παράγονται από την άνθηση μιας μόνο ωοθήκης και περιέχουν ένα ή περισσότερα σπέρματα εγκλωβισμένα στη σάρκα. Αυτός ο ορισμός περιλαμβάνει εκπληκτικά παραδείγματα όπως οι μπανάνες, τα σταφύλια και οι πιπεριές, αλλά αποκλείει τις φράουλες, οι οποίες θεωρούνται «σύνθετοι καρποί».Η ιστορική διαμάχη για τη φύση της ντομάτας κορυφώθηκε το 1893 με την υπόθεση Nix v. Hedden στο Ανώτατο Δικαστήριο των Ηνωμένων Πολιτειών. Ο εισαγωγέας John Nix αμφισβήτησε τους δασμούς που επιβάλλονταν στα λαχανικά, υποστηρίζοντας ότι η ντομάτα είναι φρούτο και άρα έπρεπε να εισάγεται αφορολόγητη. Το δικαστήριο αναγνώρισε τη βοτανική αλήθεια, αλλά αποφάσισε ομόφωνα ότι στην καθημερινή γλώσσα και το εμπόριο, η ντομάτα χρησιμοποιείται ως λαχανικό και πρέπει να φορολογείται ανάλογα.Από βιολογική άποψη, η δομή της ντομάτας αποτελείται από το εξωκάρπιο (φλούδα), το μεσοκάρπιο (σάρκα) και το ενδοκάρπιο που περιβάλλει τους σπόρους. Η παρουσία πολλαπλών σπόρων μέσα σε μια ζουμερή μάζα είναι το κύριο χαρακτηριστικό που την τοποθετεί στην ίδια οικογένεια με τα μύρτιλα. Η επιστημονική αυτή κατηγοριοποίηση παραμένει αμετάβλητη, παρά τις γαστρονομικές συμβάσεις που τη θέλουν στις σαλάτες και όχι στα επιδόρπια.