Το οξύ του στομάχου είναι τόσο ισχυρό που μπορεί να διαλύσει μέταλλο, αλλά το όργανο προστατεύεται ανανεώνοντας το εσωτερικό του τοίχωμα κάθε λίγες ημέρες.

Το γαστρικό υγρό αποτελείται κυρίως από υδροχλωρικό οξύ (HCl), χλωριούχο κάλιο και χλωριούχο νάτριο. Η συγκέντρωση του υδροχλωρικού οξέος στο ανθρώπινο στομάχι είναι εξαιρετικά υψηλή, με το pH να κυμαίνεται συνήθως μεταξύ 1,5 και 3,5. Αυτό το επίπεδο οξύτητας είναι αρκετά ισχυρό ώστε να διαβρώσει μέταλλα όπως ο ψευδάργυρος ή ο μαλακός χάλυβας μέσα σε λίγες ώρες.Η κύρια άμυνα του στομάχου είναι ο βλεννογόνος φραγμός, ένα στρώμα πλούσιο σε διττανθρακικά ιόντα που εξουδετερώνουν το οξύ πριν αγγίξει τα επιθηλιακά κύτταρα. Τα επιθηλιακά κύτταρα του στομάχου έχουν τον ταχύτερο ρυθμό ανανέωσης στο ανθρώπινο σώμα, καθώς αντικαθίστανται πλήρως κάθε 3 έως 5 ημέρες. Αυτή η διαδικασία ελέγχεται από αυξητικούς παράγοντες και κυτταρικά σήματα που εξασφαλίζουν ότι η επένδυση παραμένει πάντα λειτουργική.Μελέτες έχουν δείξει ότι το στομάχι παράγει περίπου 1,5 έως 2 λίτρα γαστρικού υγρού καθημερινά. Αν η ισορροπία μεταξύ της έκκρισης οξέος και της παραγωγής βλέννας διαταραχθεί, τότε δημιουργούνται πεπτικά έλκη. Η ανακάλυψη του βακτηρίου Helicobacter pylori από τους Barry Marshall και Robin Warren το 1982 απέδειξε ότι οι λοιμώξεις μπορούν να καταστρέψουν αυτή την προστασία, οδηγώντας σε σοβαρές βλάβες του ιστού.