Το γονιδίωμα της ντομάτας χαρτογραφήθηκε πλήρως το 2012, αποκαλύπτοντας τα μυστικά της γεύσης και της αντοχής της.

Η ολοκλήρωση της αλληλούχισης του γονιδιώματος της ντομάτας (Solanum lycopersicum) ανακοινώθηκε τον Μάιο του 2012 στο περιοδικό Nature. Το έργο αυτό ήταν αποτέλεσμα της συνεργασίας του International Tomato Genome Sequencing Consortium, στο οποίο συμμετείχαν πάνω από 300 επιστήμονες από 14 χώρες. Η έρευνα επικεντρώθηκε στην ποικιλία Heinz 1706 και αποκάλυψε ότι η ντομάτα διαθέτει περίπου 35.000 γονίδια διατεταγμένα σε 12 χρωμοσώματα.Οι ερευνητές ανακάλυψαν ότι το γονιδίωμα της ντομάτας υπέστη δύο πλήρεις τριπλασιασμούς κατά τη διάρκεια της εξέλιξής της, πριν από περίπου 60 και 130 εκατομμύρια χρόνια. Αυτά τα γεγονότα επέτρεψαν τη δημιουργία νέων γονιδίων που ελέγχουν τη διαδικασία ωρίμανσης, το χρώμα και τη συσσώρευση σακχάρων. Η γνώση αυτή είναι ζωτικής σημασίας για την καταπολέμηση παθογόνων όπως ο μύκητας Phytophthora infestans, που προκαλεί τον περονόσπορο.Επιπλέον, η χαρτογράφηση επέτρεψε στους καλλιεργητές να εντοπίσουν συγκεκριμένα πτητικά γονίδια που χάθηκαν κατά την εμπορική εκτροφή των τελευταίων δεκαετιών. Σήμερα, οι επιστήμονες χρησιμοποιούν αυτά τα δεδομένα για να επαναφέρουν την παραδοσιακή γεύση στις ντομάτες του σούπερ μάρκετ χωρίς να θυσιάζουν τη διάρκεια ζωής τους. Η μελέτη αυτή αποτελεί πλέον το πρότυπο για την έρευνα σε άλλα φυτά της οικογένειας των Σολανωδών, όπως η πατάτα και η πιπεριά.