Ο Ισαάκ Νεύτων ανακάλυψε τη βαρύτητα και τους νόμους της κίνησης ενώ βρισκόταν σε καραντίνα λόγω της πανώλης.

Η περίοδος από το 1665 έως το 1666 είναι γνωστή στην ιστορία της επιστήμης ως Annus Mirabilis του Νεύτωνα. Η Μεγάλη Πανώλη του Λονδίνου προκάλεσε τον θάνατο περίπου 100.000 ανθρώπων, αναγκάζοντας το Κολέγιο Τρίνιτι του Κέιμπριτζ να στείλει τους φοιτητές του πίσω στην επαρχία για λόγους ασφαλείας.Κατά τη διάρκεια της παραμονής του στο Woolsthorpe Manor, ο Νεύτων εργάστηκε πάνω σε μαθηματικά προβλήματα που οδήγησαν στην ανάπτυξη του διαφορικού και ολοκληρωτικού λογισμού. Παράλληλα, τα πειράματά του με πρίσματα απέδειξαν ότι το λευκό φως αποτελείται από ένα φάσμα χρωμάτων, ανατρέποντας τις θεωρίες του Αριστοτέλη που κυριαρχούσαν για αιώνες.Η διάσημη ιστορία με το μήλο επιβεβαιώνεται από τον βιογράφο του, William Stukeley, ο οποίος κατέγραψε μια συζήτηση με τον Νεύτωνα το 1726. Ο Νεύτων του εξήγησε ότι η πτώση ενός μήλου στον κήπο του τον έκανε να αναρωτηθεί γιατί το φρούτο πέφτει πάντα κάθετα προς τη γη και όχι πλάγια ή προς τα πάνω.Αυτή η παρατήρηση τον οδήγησε στο συμπέρασμα ότι η ύλη έλκει την ύλη και ότι η ίδια δύναμη που επηρεάζει το μήλο κρατά τη Σελήνη σε τροχιά γύρω από τη Γη. Οι ανακαλύψεις αυτές δημοσιεύθηκαν τελικά το 1687 στο μνημειώδες έργο του «Philosophiae Naturalis Principia Mathematica», το οποίο θεωρείται το σημαντικότερο βιβλίο στην ιστορία της φυσικής.