Την εποχή του Μπαρόκ, η εφεύρεση του μικροσκοπίου αποκάλυψε έναν αόρατο κόσμο γεμάτο μικροσκοπικά πλάσματα, τα «ζωύφια».

Ο Αντόνι φαν Λέβενχουκ (1632–1723) δεν ήταν ακαδημαϊκός επιστήμονας, αλλά ένας έμπορος υφασμάτων που τελειοποίησε την τέχνη της κατασκευής φακών. Κατάφερε να δημιουργήσει μικροσκόπια με μεγέθυνση έως και 275 φορές, ξεπερνώντας κατά πολύ τα σύνθετα μικροσκόπια της εποχής του. Το 1674, παρατηρώντας δείγματα από τη λίμνη Berkelse Mere, κατέγραψε για πρώτη φορά πρωτόζωα και αργότερα, το 1676, τα πρώτα βακτήρια.Η ανακάλυψή του στάλθηκε με επιστολή στη Βασιλική Εταιρεία του Λονδίνου (Royal Society), η οποία αρχικά αντιμετώπισε τους ισχυρισμούς του με έντονη σκεπτικισμό. Χρειάστηκε η παρέμβαση του Ρόμπερτ Χουκ και μια ομάδα ειδικών για να επιβεβαιώσουν τα ευρήματά του το 1677. Οι παρατηρήσεις του Λέβενχουκ περιλάμβαναν επίσης τα ερυθρά αιμοσφαίρια, τα σπερματοζωάρια και τη δομή των μυϊκών ινών.Πριν από αυτές τις ανακαλύψεις, η επιστημονική κοινότητα πίστευε στη θεωρία της «αυθόρμητης γενέσεως», δηλαδή ότι οι μικροοργανισμοί εμφανίζονταν από το πουθενά. Ο Λέβενχουκ απέδειξε ότι η ζωή υπάρχει σε κλίμακες που το ανθρώπινο μάτι δεν μπορεί να συλλάβει χωρίς τεχνολογική βοήθεια. Η κληρονομιά του περιλαμβάνει πάνω από 500 φακούς και 190 επιστολές που περιγράφουν λεπτομερώς έναν κόσμο που κανείς δεν φανταζόταν ότι υπήρχε.