Το κεφίρ περιέχει τόσο βακτήρια όσο και μαγιά, ενώ το γιαούρτι βασίζεται αποκλειστικά σε βακτήρια.

Το κεφίρ έχει τις ρίζες του στα βουνά του Καυκάσου, όπου οι ντόπιοι ανακάλυψαν ότι το φρέσκο γάλα που φυλασσόταν σε δερμάτινους σάκους ζυμωνόταν σε ένα αναζωογονητικό ποτό. Οι «κόκκοι» κεφίρ δεν είναι πραγματικοί σπόροι, αλλά μια ζωντανή μήτρα πολυσακχαριτών, πρωτεϊνών και λιπιδίων που ονομάζεται κεφιράνη. Αυτή η δομή φιλοξενεί μια συμβιωτική καλλιέργεια βακτηρίων και ζυμομυκήτων (SCOBY), η οποία είναι πολύ πιο ανθεκτική από τις καλλιέργειες του γιαουρτιού.Σύμφωνα με μελέτες που δημοσιεύθηκαν στο Journal of Food Science and Technology, το κεφίρ μπορεί να περιέχει από 30 έως 60 διαφορετικά στελέχη μικροοργανισμών, συμπεριλαμβανομένων των Lactobacillus και Saccharomyces. Το γιαούρτι συνήθως περιέχει μόνο δύο έως πέντε στελέχη βακτηρίων, όπως ο Lactobacillus bulgaricus και ο Streptococcus thermophilus. Η παρουσία της μαγιάς στο κεφίρ προκαλεί μια δευτερογενή ζύμωση που παράγει μικρές ποσότητες διοξειδίου του άνθρακα και αιθανόλης, δίνοντας στο ποτό τη χαρακτηριστική του υφή.Επιπλέον, οι κόκκοι κεφίρ θεωρούνται «αθάνατοι» καθώς μπορούν να αναπαράγονται επ' αόριστον αν τρέφονται με φρέσκο γάλα. Ερευνητές στο Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης έχουν επισημάνει ότι η κατανάλωση κεφίρ συμβάλλει στον αποικισμό του εντέρου με ευεργετικά μικρόβια πιο αποτελεσματικά από το γιαούρτι. Αυτό συμβαίνει επειδή τα προβιοτικά του κεφίρ είναι πιο ανθεκτικά στα οξέα του στομάχου και μπορούν να επιβιώσουν στο πεπτικό σύστημα για μεγαλύτερο χρονικό διάστημα.