Το 2003, η LEGO βρέθηκε στα πρόθυρα της χρεοκοπίας, αλλά σώθηκε χάρη στα σετ Star Wars και τη σειρά Bionicle.

Η οικονομική κρίση της LEGO κορυφώθηκε το 2003, όταν η εταιρεία ανακοίνωσε έλλειμμα ρεκόρ ύψους 1,4 δισεκατομμυρίων κορωνών Δανίας. Η διοίκηση είχε διαπράξει το σφάλμα της υπερβολικής επέκτασης, αυξάνοντας τον αριθμό των μοναδικών εξαρτημάτων από 6.000 σε πάνω από 12.000, γεγονός που εκτόξευσε το κόστος παραγωγής και αποθήκευσης.Το 2004, ο Jørgen Vig Knudstorp ανέλαβε καθήκοντα Διευθύνοντος Συμβούλου και εφάρμοσε ένα αυστηρό σχέδιο διάσωσης. Μείωσε τον αριθμό των διαφορετικών κομματιών κατά 50% και πούλησε τα μερίδια της εταιρείας στα θεματικά πάρκα LEGOLAND για να συγκεντρώσει ρευστότητα. Η στρατηγική του βασίστηκε στην επιστροφή στις ρίζες της εταιρείας και στην αξιοποίηση ισχυρών εμπορικών συνεργασιών.Η σειρά Bionicle, που κυκλοφόρησε το 2001, αποδείχθηκε σωτήρια καθώς διέθετε τη δική της πλούσια μυθολογία και χαμηλό κόστος κατασκευής. Παράλληλα, η συνεργασία με τη Lucasfilm για τα σετ Star Wars, που ξεκίνησε το 1999, απέφερε τεράστια έσοδα ειδικά κατά τις περιόδους κυκλοφορίας των νέων ταινιών. Μέχρι το 2006, η LEGO είχε επιστρέψει στην κερδοφορία, αποτελώντας σήμερα την πιο κερδοφόρα εταιρεία παιχνιδιών στον κόσμο.