Τα cupcakes ψήνονται σε μόλις 20 λεπτά επειδή η θερμότητα χρειάζεται να διανύσει μόνο 2,5 εκατοστά για να φτάσει στο κέντρο τους.

Η διαδικασία ψησίματος διέπεται από τους νόμους της θερμοδυναμικής και συγκεκριμένα από τη μεταφορά θερμότητας μέσω αγωγής. Σύμφωνα με μελέτες στη φυσική των τροφίμων, ο χρόνος που απαιτείται για να φτάσει η θερμότητα στο κέντρο ενός αντικειμένου αυξάνεται εκθετικά με το πάχος του. Στα cupcakes, η απόσταση από την επιφάνεια έως το κέντρο είναι συνήθως 2,5 εκατοστά, γεγονός που ελαχιστοποιεί την αντίσταση στη ροή θερμότητας.Κατά τη διάρκεια του ψησίματος στους 175°C, η ζύμη περνά από τη φάση της εξάτμισης του νερού και της πήξης των πρωτεϊνών. Στα μεγάλα κέικ, η εξωτερική κρούστα σχηματίζεται νωρίς και λειτουργεί ως θερμικό φράγμα, επιβραδύνοντας τη διείσδυση της ενέργειας προς τα μέσα. Αυτό το φαινόμενο συχνά οδηγεί σε ανομοιόμορφο ψήσιμο, όπου οι άκρες στεγνώνουν πριν ψηθεί το κέντρο.Στα cupcakes, η αναλογία επιφάνειας προς όγκο είναι πολύ μεγαλύτερη, επιτρέποντας την ταχύτατη ενεργοποίηση των διογκωτικών παραγόντων, όπως η μαγειρική σόδα. Η εσωτερική θερμοκρασία φτάνει στους 99°C, το κρίσιμο σημείο όπου η δομή του κέικ σταθεροποιείται, μέσα σε περίπου 18 με 22 λεπτά. Αυτή η αποδοτικότητα είναι ο λόγος που τα cupcakes διατηρούν την υγρασία τους καλύτερα από τα μεγαλύτερα αρτοσκευάσματα.