Η λέξη «μουστάρδα» προέρχεται από τη λατινική φράση «mustum ardens», που σημαίνει «μούστος που καίει».

Η ιστορία της μουστάρδας ξεκινά από την Αρχαία Ρώμη, όπου οι πρώτες συνταγές καταγράφηκαν στο έργο «De Re Coquinaria» του Απίκιου τον 4ο ή 5ο αιώνα μ.Χ. Οι Ρωμαίοι παρατήρησαν ότι η ανάμειξη αλεσμένου σιναπιού με μούστο (mustum) δημιουργούσε μια χημική αντίδραση που απελευθέρωνε ισοθειοκυανικά άλατα. Αυτές οι ουσίες είναι υπεύθυνες για την αίσθηση καύσου στη μύτη και τη γλώσσα, γεγονός που οδήγησε στην ονομασία «mustum ardens».Η χημική αυτή διαδικασία βασίζεται στο ένζυμο μυροσινάση, το οποίο διασπά τις γλυκοζινολάτες του σιναπιού όταν έρθουν σε επαφή με υγρό. Ο μούστος παρείχε το απαραίτητο όξινο περιβάλλον για να σταθεροποιηθεί αυτή η αντίδραση και να διατηρηθεί η ένταση της γεύσης για μεγαλύτερο διάστημα. Πριν από τη χρήση της στη γαστρονομία, η μουστάρδα χρησιμοποιούνταν από τον Ιπποκράτη και άλλους αρχαίους γιατρούς ως κατάπλασμα για πόνους και αναπνευστικά προβλήματα.Κατά τον 13ο αιώνα, η παραγωγή μεταφέρθηκε στη Ντιζόν της Γαλλίας, η οποία αναδείχθηκε σε παγκόσμια πρωτεύουσα του είδους υπό την προστασία των Δουκών της Βουργουνδίας. Το 1382, η πόλη απέκτησε το επίσημο οικόσημό της που περιλάμβανε τη λέξη «Moult me tarde», μια φράση που πολλοί θεωρούν ότι συνέβαλε στη γλωσσική εξέλιξη της λέξης. Σήμερα, η παραδοσιακή μουστάρδα Ντιζόν χρησιμοποιεί αγουρίδα (verjuice) αντί για κοινό ξύδι, διατηρώντας την ιστορική σύνδεση με τον χυμό σταφυλιού.