La pomme de terre possède 48 chromosomes, soit deux de plus que l'être humain.

La pomme de terre cultivée, connue sous le nom scientifique Solanum tuberosum, est un organisme tétraploïde. Cela signifie qu'elle possède quatre ensembles de 12 chromosomes, pour un total de 48. En comparaison, l'être humain est diploïde avec deux ensembles de 23 chromosomes, totalisant 46.Le nombre de chromosomes n'est pas corrélé à la complexité biologique ou à l'intelligence d'une espèce. Ce phénomène est illustré par le paradoxe de la valeur C, qui montre que la taille du génome varie énormément entre les organismes sans lien direct avec leur sophistication perçue. Par exemple, certaines fougères possèdent plus de 1 200 chromosomes.En 2011, le Potato Genome Sequencing Consortium, un groupe international de chercheurs, a publié la première séquence complète du génome de la pomme de terre dans la revue Nature. Cette étude a révélé que le génome de la pomme de terre contient environ 39 000 gènes codant pour des protéines, soit environ 1,5 fois plus que l'être humain.La diversité génétique des pommes de terre est vaste car il existe des milliers de variétés sauvages en Amérique du Sud. Certaines sont diploïdes (24 chromosomes), tandis que d'autres sont hexaploïdes (72 chromosomes). La compréhension de ces 48 chromosomes aide aujourd'hui l'Institut International de la Pomme de Terre (CIP) à créer des tubercules plus résistants au mildiou et à la sécheresse.