Avec 7 systèmes de groupes sanguins et plus de 30 types différents, la transfusion chez le cheval est l'une des plus complexes au monde.

Le système sanguin équin est officiellement reconnu par la Société Internationale de Génétique Animale (ISAG) et se compose de sept systèmes de groupes principaux nommés A, C, D, K, P, Q et U. Chaque système correspond à un locus génétique spécifique qui contrôle la présence d'antigènes à la surface des globules rouges. On dénombre plus de 30 facteurs sanguins différents, ce qui crée des milliers de combinaisons possibles entre les individus.Une caractéristique unique des équidés est l'absence d'anticorps naturels (allo-anticorps) contre les groupes sanguins qu'ils ne possèdent pas, contrairement aux humains qui naissent avec des anticorps anti-A ou anti-B. Cela explique pourquoi une première transfusion "en aveugle" est souvent possible en cas d'urgence vitale. Cependant, suite à ce premier contact, le système immunitaire du receveur développe des anticorps spécifiques en 5 à 7 jours.Les groupes A et Q sont considérés comme les plus immunogènes, c'est-à-dire qu'ils provoquent les réactions les plus violentes. Une incompatibilité lors d'une seconde transfusion peut mener à une hémolyse aiguë, où les globules rouges sont détruits instantanément, entraînant la mort de l'animal. Chez les poulains, une incompatibilité entre la jument et l'étalon peut provoquer l'isoérythrolyse néonatale, une maladie mortelle où le nouveau-né détruit ses propres globules rouges après avoir bu le colostrum maternel.