Au Moyen Âge, l'interdiction religieuse de manger de la viande a forcé les Européens à inventer l'aquaculture moderne.

Le calendrier liturgique médiéval imposait des restrictions alimentaires strictes qui touchaient toutes les couches de la société. Selon les travaux de l'historien Richard Hoffmann, ces règles ont provoqué une explosion de la demande en poisson dès le XIe siècle. Pour répondre à ce besoin, les moines cisterciens sont devenus les pionniers de l'ingénierie hydraulique en Europe. L'abbaye de Cluny et celle de Citeaux géraient des réseaux complexes d'étangs artificiels reliés par des canaux et des vannes de régulation. La carpe commune, introduite depuis le Danube, est devenue l'espèce phare car elle supportait bien les eaux stagnantes et peu oxygénées des bassins. Les inventaires de l'époque montrent que certains domaines possédaient des dizaines d'étangs hiérarchisés selon l'âge des poissons. Cette gestion permettait une rotation des stocks et une production constante même en hiver. Au XIVe siècle, la pisciculture était si rentable qu'elle représentait une source de revenus majeure pour la noblesse. Cette pratique a durablement modifié les paysages européens en créant des zones humides artificielles encore visibles aujourd'hui. L'aquaculture médiévale constitue ainsi la première tentative réussie de domestication massive d'espèces aquatiques en Occident.