La vraie différence entre un cupcake et un muffin réside dans la quantité d'air emprisonnée lors du mélange.

La distinction culinaire entre le cupcake et le muffin repose sur la structure alvéolaire de la pâte. Pour le cupcake, la technique du crémage consiste à battre le beurre ramolli avec du sucre granulé. Ce processus mécanique crée des millions de petites poches d'air qui se dilatent sous l'effet de la chaleur dans le four, un phénomène étudié en physique des fluides alimentaires.Le muffin appartient à la catégorie des pains rapides, dont l'origine moderne remonte au milieu du XIXe siècle avec l'invention de la levure chimique. Contrairement au cupcake, on mélange les ingrédients liquides et secs séparément avant de les réunir brièvement. Un mélange excessif développerait le gluten de la farine, rendant le muffin élastique plutôt que friable.Des études en science des aliments montrent que la densité d'un cupcake est généralement comprise entre 0,5 et 0,7 g/cm³, alors que celle d'un muffin dépasse souvent 0,8 g/cm³. Cette différence de densité influence la perception sensorielle et la vitesse de mastication. Le cupcake est techniquement une version miniature du quatre-quarts ou de la génoise, tandis que le muffin partage son ADN avec le pain de maïs ou les scones.