Le kéfir est issu de « grains » mélangeant bactéries et levures, contrairement au yaourt qui ne contient que des bactéries.

Le kéfir de lait trouve ses origines dans les montagnes du Caucase, où il est consommé depuis des siècles pour ses vertus digestives. Contrairement au yaourt traditionnel, qui repose sur une fermentation thermophile impliquant principalement Lactobacillus bulgaricus et Streptococcus thermophilus, le kéfir résulte d'une fermentation symbiotique complexe. Les grains de kéfir sont des structures de polysaccharides appelées kéfiran, créées par la bactérie Lactobacillus hilgardii.Ces grains abritent une matrice vivante contenant des bactéries lactiques, des bactéries acétiques et des levures telles que Saccharomyces kefir ou Candida kefir. Une étude publiée dans le Journal of Food Science and Technology indique que le kéfir peut contenir jusqu'à 61 souches de micro-organismes différents, ce qui en fait une source de probiotiques bien plus diversifiée que le yaourt. Cette diversité permet au kéfir de coloniser plus efficacement le tractus intestinal humain.Le processus de fermentation du kéfir est également unique car il est double : lactique et alcoolique. Les levures transforment une petite partie du lactose en dioxyde de carbone et en une trace infime d'éthanol, ce qui donne à la boisson son aspect pétillant caractéristique. Des recherches menées par l'Université de Dublin ont démontré que les peptides formés pendant cette fermentation possèdent des propriétés anti-inflammatoires et antioxydantes significatives.