Les trous du fromage suisse sont formés par des bulles de gaz produites par des bactéries pendant l'affinage.

Le processus de formation des trous, ou « yeux », repose principalement sur la fermentation propionique déclenchée par la bactérie Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii. Durant la phase d'affinage en cave chaude, entre 20 et 24 degrés Celsius, ces micro-organismes transforment le lactate en propionate, en acétate et en dioxyde de carbone. Ce dégagement gazeux est massif et ne peut pas s'échapper à travers la croûte déjà formée de la meule.En 2015, des chercheurs d'Agroscope, l'institut des sciences alimentaires en Suisse, ont découvert un facteur complémentaire crucial : la présence de microparticules de foin. Ces minuscules poussières tombent dans le lait lors de la traite traditionnelle et servent de « noyaux » pour la formation des bulles de gaz. Sans ces impuretés végétales, le gaz resterait dissous dans la pâte sans former de cavités visibles.Cette découverte explique pourquoi les fromages modernes, produits avec des systèmes de traite fermés et ultra-propres, présentaient de moins en moins de trous. En ajustant le dosage de ces particules de foin, les fromagers peuvent désormais contrôler avec précision la taille et le nombre d'yeux dans des variétés comme l'Emmental. Ce phénomène illustre parfaitement comment la biochimie bactérienne et les méthodes de production physique interagissent pour définir la structure finale d'un produit laitier.