Картофите притежават 48 хромозома, което е повече от 46-те хромозома при хората.

Биологичният парадокс, при който броят на хромозомите не съответства на сложността на организма, е добре известен в генетиката. Обикновеният картоф е тетраплоиден организъм, което означава, че притежава четири комплекта от по 12 хромозома. Този феномен често се среща при растенията и води до по-голям общ брой генетични единици в сравнение с диплоидните хора.През 2011 година Международен консорциум за секвениране на картофения геном публикува пълната му карта в списание Nature. Изследването разкрива, че картофът съдържа над 39 000 кодиращи протеини гена. За сравнение, човешкият геном съдържа приблизително между 20 000 и 25 000 гена, въпреки че човешката ДНК е по-дълга като общ брой базови двойки.Разликата в броя на хромозомите се дължи на еволюционни събития като сливане или разделяне на хромозоми. Например, учените са установили, че човешката хромозома 2 е резултат от сливането на две хромозоми, които все още съществуват отделно при големите човекоподобни маймуни. При картофите полиплоидията е помогнала за по-добра адаптация и оцеляване в различни климатични условия през вековете.