Конете имат 7 основни кръвни групи и над 30 подтипа, което прави кръвопреливането при тях изключително сложно.

Кръвните групи при конете се определят от специфични антигени на повърхността на еритроцитите, като системата е международно стандартизирана от Международното дружество по генетика на животните (ISAG). Седемте основни системи са означени като A, C, D, K, P, Q и U, но комбинациите от фактори в тях създават над 400 000 възможни варианта. Най-силно антигенни и опасни при несъвместимост са групите Aa и Qa, които често причиняват тежки имунни реакции.Интересен биологичен феномен е, че конете не притежават естествени антитела (алоантитела) срещу други кръвни групи преди първия си контакт с чужда кръв. Това позволява еднократно „спешно“ преливане без предварителен тест за съвместимост в критични ситуации. След този първи контакт обаче имунната система на коня развива антитела, които биха атакували всяко следващо преливане на несъвместима кръв с фатална скорост.Този сложен механизъм е в основата на неонаталната изоеритролиза — състояние, при което жребчето развива анемия, след като поеме коластра от майка си. Ако кобилата е развила антитела срещу кръвната група на жребчето по време на бременността, нейните антитела атакуват и разрушават червените кръвни клетки на новороденото. Ветеринарната медицина днес разчита на специализирани тестове за „кръстосана съвместимост“ (cross-matching), за да гарантира безопасността на пациентите.