Мускулите имат нужда от четири седмици за пълно възстановяване след маратон.

Проучвания, публикувани в Journal of Applied Physiology, показват, че интензивното натоварване по време на маратон (42,195 км) причинява значителни клетъчни увреждания. Биопсии на скелетните мускули, взети от бегачи веднага след състезанието, разкриват серьозно възпаление и некроза на мускулните влакна. Тези микротравми засягат митохондриите и саркомерите – основните структурни единици на мускула.Проучване на университета „Бол Стейт" установява, че дори седем дни след маратона мускулната сила и издръжливост остават значително по-ниски от нормалните нива. Процесът на възстановяване включва изчистване на клетъчните остатъци и изграждане на нови протеинови структури. Този биологичен цикъл не може да бъде ускорен и изисква време за пълна регенерация.Освен мускулите, имунната система също е отслабена за период от две до четири седмици след маратона. През това време тялото е по-податливо на инфекции, докато нивата на кортизол се нормализират. Ето защо професионалните атлети и спортните лекари препоръчват поне 28 дни леко натоварване преди завръщане към интензивни тренировки.