Томас Джеферсън лично подписва патента за памукоотделителната машина през 1794 г.

Илай Уитни подава молба за патент на своята машина (cotton gin) през 1793 г., но официалното му одобрение се случва на 14 март 1794 г. По това време Патентният закон от 1790 г. възлага отговорността за издаване на патенти на малка комисия, включваща държавния секретар, министъра на войната и главния прокурор. Томас Джеферсън, който заема поста държавен секретар, е бил запален изобретател и лично е проверявал техническите аспекти на всяка молба.В писмо до Уитни от ноември 1793 г. Джеферсън изразява голям интерес към устройството и пита дали то може да бъде задвижвано от кон или вода. Тази лична ангажираност подчертава значението на изобретението за икономиката на южните щати. Машината е можела да почисти до 23 килограма памук на ден, което е 50 пъти повече от капацитета на ръчния труд по това време.Въпреки патента, Уитни прекарва години в съдебни дела, тъй като фермерите лесно копират неговия прост дизайн. Патентният закон от 1793 г. се оказва твърде слаб, за да го защити ефективно. Тези правни битки в крайна сметка водят до значителни реформи в американското законодателство за патентите през 1836 г. и създаването на по-стабилна система за защита на интелектуалната собственост.