Кефирът се прави от уникална смес от бактерии и дрожди, наречена „кефирни зърна“.

Кефирът произхожда от Кавказките планини, където местните овчари са открили, че прясното мляко, съхранявано в кожени мехове, ферментира в газирана напитка. За разлика от киселото мляко, което обикновено разчита на два щама бактерии (Lactobacillus bulgaricus и Streptococcus thermophilus), кефирът е продукт на сложна SCOBY структура (симбиотична култура от бактерии и дрожди). Изследвания, публикувани в „Frontiers in Microbiology“, показват, че кефирните зърна съдържат специфичен полизахарид, наречен кефиран, който държи микроорганизмите заедно.Процесът на ферментация при кефира е двойна ферментация – млечнокисела и алкохолна. Дрождите в зърната, като Saccharomyces kefir и Candida kefir, преработват лактозата в етанол и въглероден диоксид, което придава на напитката характерната „резливост“. Нивата на алкохол обикновено варират между 0.01% и 1%, в зависимост от времето на ферментация и температурата. Това прави кефира уникален пробиотик, който подобрява храносмилането по-ефективно от стандартните млечни продукти.Исторически погледнато, кефирните зърна са били считани за благословия и са се предавали като семейно наследство. През 1908 г. Всерусийското лекарско дружество успява да получи първите зърна от принц Бек-Мирза Узу-Чаров чрез сложна схема, включваща Ирина Сахарова. Днес науката потвърждава, че кефирът съдържа много по-широк спектър от пробиотици в сравнение с киселото мляко, което го прави изключително ценен за чревния микробиом. Поради своята устойчивост, зърната могат да се самовъзпроизвеждат неограничено време, ако се хранят с прясно мляко.