Ели Уитни почти не печели от изобретяването на памукочистачката, тъй като фермерите масово я копират незаконно.

Ели Уитни подава молба за патент на своята машина (cotton gin) на 20 юни 1793 г., а го получава официално на 14 март 1794 г. Неговата иновация използва въртящ се цилиндър с телени куки, които издърпват памучните влакна през тясна решетка, оставяйки семената отзад. Преди това един работник е обработвал едва около 0.5 килограма памук на ден, докато машината е позволявала обработката на над 25 килограма за същото време.Грешката на Уитни и неговия бизнес партньор Финиъс Милър е бизнес моделът им. Те се опитват да монополизират пазара, като инсталират машини в Юга и изискват 33% от общата печалба на фермерите за услугата. Това води до масово недоволство и стотици фермери започват да строят свои собствени версии на устройството, твърдейки, че дизайнът е твърде елементарен, за да бъде защитен.Уитни прекарва години в съдилищата, като завежда над 60 дела срещу нарушители в щати като Джорджия и Южна Каролина. Повечето от тези дела са неуспешни поради враждебността на местните съдебни заседатели, които сами са били собственици на плантации. Едва през 1807 г. съдилищата окончателно потвърждават неговия патент, но по това време технологията вече е станала стандарт в цялата индустрия.Разочарован от липсата на печалби, Уитни се насочва към производството на мускети за правителството на САЩ. Той става пионер в концепцията за взаимозаменяеми части, която по-късно се превръща в основа на модерното масово производство. Въпреки че памукочистачката променя икономиката на Юга и засилва робството, самият изобретател натрупва състоянието си чрез оръжейната индустрия.