Къпкейковете се изпичат само за 20 минути, защото топлината достига до центъра им почти веднага.

Процесът на печене се основава на принципите на термодинамиката и топлопроводимостта. В малките форми за къпкейк съотношението между повърхност и обем е много по-високо в сравнение с големите торти. Това позволява на топлинната енергия от фурната да се пренася по-ефективно към сърцевината на десерта чрез конвекция и проводимост.Според кулинарни изследвания на институти като America's Test Kitchen идеалната вътрешна температура за готовност на пандишпаново тесто е между 98°C и 100°C. При къпкейковете разстоянието от повърхността до геометричния център обикновено е под 2,5 сантиметра. Това означава, че топлината не среща сериозна термична съпротива от вече изпечените външни слоеве.Когато тестото се нагрява, се случват няколко критични химични реакции едновременно. Бакпулверът освобождава въглероден диоксид, а протеините в яйцата и брашното започват да се коагулират, за да създадат структурата на кексчето. Тъй като този процес завършва за около 18 до 22 минути, влагата в тестото няма време да се изпари напълно, което запазва десерта сочен.За сравнение, една стандартна торта с диаметър 23 см изисква поне 35 до 45 минути печене при същата температура от 175°C. При нея центърът е много по-далеч от източника на топлина, което налага по-дълго време за достигане на безопасната температура. Къпкейковете остават предпочитани в сладкарството именно заради тази предвидимост и бързина на топлинния трансфер.