След ваксинация имунните клетки пренаписват собствената си ДНК, за да създадат съвършените антитела.

Процесът, известен като соматична хипермутация (SHM), се случва в специализирани структури в лимфните възли, наречени герминативни центрове. Когато тялото срещне антиген от ваксина, ензимът AID (активирана от антиген дезаминаза) започва да въвежда мутации в гените за антитела на B-лимфоцитите. Тези мутации се случват със скорост до един милион пъти по-висока от обичайната честота на мутации в другите клетки на тялото.Това ускорено изменение позволява на имунната система да генерира милиарди вариации на антитела за кратко време. Чрез механизъм, наречен „афинитетно съзряване“, тялото подлага тези нови клетки на строг тест. Оцеляват само тези B-клетки, чиито антитела се свързват най-силно с патогена, докато останалите преминават през програмирана клетъчна смърт (апоптоза).Изследвания на имунолози като Макфарлейн Бърнет, който печели Нобелова награда през 1960 г. за теорията за клоналната селекция, полагат основите на това разбиране. Съвременни проучвания показват, че този процес може да продължи седмици след ваксинация, като непрекъснато подобрява качеството на имунния отговор. Резултатът е създаването на дълготрайни плазмени клетки и B-клетки на паметта, които осигуряват десетилетия защита срещу болести като морбили или тетанус.