Дупките в швейцарското сирене се образуват от газ, отделян от специфични бактерии по време на зреенето.

Процесът на образуване на дупки в швейцарското сирене, като Ементал, е резултат от дейността на бактерията Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii. По време на етапа на зреене, който обикновено продължава няколко месеца при температура около 20-24 градуса по Целзий, тези бактерии консумират лактат. В резултат на метаболизма си те отделят пропионова киселина, оцетна киселина и въглероден диоксид.Въглеродният диоксид се натрупва в определени точки в структурата на сиренето. Понеже външната кора на питата е твърда и плътна, газът не може да излезе навън и се разширява вътре в масата, създавайки характерните кухини. Големината на дупките се контролира стриктно чрез промяна на температурата и времето на зреене, като съвременните производители използват прецизни технологии за мониторинг.Интересно изследване на швейцарския институт Agroscope от 2015 г. разкрива още един ключов фактор за образуването на дупките. Учените установяват, че микроскопични частици сено, попаднали в млякото по време на доене, служат като „ядра“ за образуването на мехурчетата газ. С навлизането на по-хигиенични и затворени системи за доене в модерните ферми, броят на дупките в сиренето всъщност е започнал да намалява.Това откритие обяснява защо индустриалното сирене понякога има по-малко дупки от традиционното фермерско производство. Днес производителите понякога добавят контролирани количества прах от сено, за да гарантират перфектния външен вид на продукта. Този сложен биологичен и физичен процес е причината швейцарското сирене да има своя уникален вкус и структура.